Hal yang menarik dari Ninja Kita adalah sistem Kostumisasi karakter, dimana pemain dapat mengganti karakternya menjadi karakter yang ada dalam Animasi Naruto dan Bleach. Karakter yang tersedia-pun beragam, dari Inuzaka Kiba sampai Naruto Uzumaki.
Kostum Ninja Kita terbagi menjadi tiga kategori, yaitu Kostum "White", "Blue", dan "Orange". Setiap Kostum memiliki kemampuan bertarung masing - masing yang berbeda. Diantaranya :
Kostum "White" : Memiliki Efek Skill sebesar 5%.
Kostum "Blue" : Memiliki Efek Skill sebesar 10%.
Kostum "Orange" : Memiliki Efek Skil sebesar 15%
